`structure` tool giving wrong output for `cat` tool

[iamDyeus]

currently this structure tool gives this output:

$ contextinator structure --repo-url https://github.com/startHackHQ/contextinator
INFO - 📥 Cloning https://github.com/startHackHQ/contextinator...
INFO - Repository cloned to /tmp/contextinator_qxdd3fxf
INFO - Analyzing structure: contextinator_qxdd3fxf
contextinator_qxdd3fxf/
└── contextinator_qxdd3fxf/
    ├── docs/
    │   ├── 0banner.png
    │   └── banner.webp
    ├── src/
    │   └── contextinator/
    │       ├── chunking/
    │       │   ├── __init__.py
    │       │   ├── ast_parser.py
    │       │   ├── ast_visualizer.py
    │       │   ├── chunk_service.py
    │       │   ├── file_discovery.py
    │       │   ├── node_collector.py
    │       │   ├── notebook_parser.py
    │       │   └── splitter.py
    │       ├── config/
    │       │   ├── __init__.py
    │       │   └── settings.py
    │       ├── embedding/
    │       │   ├── __init__.py
    │       │   └── embedding_service.py
    │       ├── ingestion/
    │       │   ├── __init__.py
    │       │   └── async_service.py
    │       ├── tools/
    │       │   ├── __init__.py
    │       │   ├── cat_file.py
    │       │   ├── grep_search.py
    │       │   ├── repo_structure.py
    │       │   ├── semantic_search.py
    │       │   └── symbol_search.py
    │       ├── utils/
    │       │   ├── __init__.py
    │       │   ├── exceptions.py
    │       │   ├── hash_utils.py
    │       │   ├── logger.py
    │       │   ├── progress.py
    │       │   ├── repo_utils.py
    │       │   ├── rich_help.py
    │       │   ├── token_counter.py
    │       │   └── toon_encoder.py
    │       ├── vectorstore/
    │       │   ├── __init__.py
    │       │   ├── async_chroma.py
    │       │   └── chroma_store.py
    │       ├── __init__.py
    │       ├── __main__.py
    │       └── cli.py
    ├── CODE_OF_CONDUCT.md
    ├── CONTRIBUTING.md
    ├── LICENSE
    ├── MANIFEST.in
    ├── README.md
    ├── USAGE.md
    ├── docker-compose.yml
    ├── pyproject.toml
    └── uv.lock

but cat tool requires this in the folder structure:

$ contextinator cat "src/contextinator/chunking/ast_parser.py" -c starthackHQ_Contextinator
File: src/contextinator/chunking/ast_parser.py
================================================================================
from pathlib import Path
import uuid
from typing import Any, Dict, List, Optional, TYPE_CHECKING
from ..config import SUPPORTED_EXTENSIONS
from ..utils.logger import logger
from tree_sitter import Language, Parser
import tree_sitter_bash
import tree_sitter_c
import tree_sitter_c_sharp
import tree_sitter_cpp
import tree_sitter_go
import tree_sitter_java
import tree_sitter_javascript
import tree_sitter_json
import tree_sitter_kotlin
import tree_sitter_lua
import tree_sitter_markdown
import tree_sitter_php
import tree_sitter_python
import tree_sitter_rust
import tree_sitter_solidity
...

if we try with the same inputs as provided by the structure tool then it gives us an error:

need to remove this :

contextinator_qxdd3fxf/
└── contextinator_qxdd3fxf/

so new structure looks something like this:

├── docs/
    │   ├── 0banner.png
    │   └── banner.webp
    ├── src/
    │   └── contextinator/
    │       ├── chunking/
    │       │   ├── __init__.py
    │       │   ├── ast_parser.py
    │       │   ├── ast_visualizer.py
    │       │   ├── chunk_service.py
    │       │   ├── file_discovery.py
    │       │   ├── node_collector.py
    │       │   ├── notebook_parser.py
    │       │   └── splitter.py
    │       ├── config/
    │       │   ├── __init__.py
    │       │   └── settings.py
    │       ├── embedding/
    │       │   ├── __init__.py
    │       │   └── embedding_service.py
    │       ├── ingestion/
    │       │   ├── __init__.py
    │       │   └── async_service.py
    │       ├── tools/
    │       │   ├── __init__.py
    │       │   ├── cat_file.py
    │       │   ├── grep_search.py
    │       │   ├── repo_structure.py
    │       │   ├── semantic_search.py
    │       │   └── symbol_search.py
    │       ├── utils/
    │       │   ├── __init__.py
    │       │   ├── exceptions.py
    │       │   ├── hash_utils.py
    │       │   ├── logger.py
    │       │   ├── progress.py
    │       │   ├── repo_utils.py
    │       │   ├── rich_help.py
    │       │   ├── token_counter.py
    │       │   └── toon_encoder.py
    │       ├── vectorstore/
    │       │   ├── __init__.py
    │       │   ├── async_chroma.py
    │       │   └── chroma_store.py
    │       ├── __init__.py
    │       ├── __main__.py
    │       └── cli.py
    ├── CODE_OF_CONDUCT.md
    ├── CONTRIBUTING.md
    ├── LICENSE
    ├── MANIFEST.in
    ├── README.md
    ├── USAGE.md
    ├── docker-compose.yml
    ├── pyproject.toml
    └── uv.lock

[iamDyeus]

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