Códigos e documentações atrelados ao curso de metagenomica guiada VSP IAM-IEC
Para realizar alguma das etapas práticas deste curso, configure primeiramente o micromamba no ambiente.
source install_micromamba.sh
micromamba activate base
micromamba install -c conda-forge -c bioconda multiqc=1.31 fastp=0.23source 01_install_qc.shfastp --helpmkdir teste_fastp
cd teste_fastp
fastp -i ../inputs/ART1_R1.fastq.gz \
-I ../inputs/ART1_R2.fastq.gz \
--detect_adapter_for_pe \
--thread 1 \
-o ART1.fastp.R1.fq.gz \
-O ART1.fastp.R2.fq.gz \
-h ART1.fastp.html \
-j ART1.fastp.json \
-l 75 \
--qualified_quality_phred 20bash 02_fastp.shmultiqc .source install_viralflow.shApós instalar as dependências, é necessário configurar os containers localmente (apenas 1 vez)
viralflow -build_containerscd /workspaces/Curso_OROV
viralflow -run --params_file pratica_viralflow/orov_L.params
viralflow -run --params_file pratica_viralflow/orov_M.params
viralflow -run --params_file pratica_viralflow/orov_S.paramsbash 03_viralflow.shmicromamba activate viralflow
micromamba install -c conda-forge openjdk=17
curl -s https://get.nextflow.io | bash
chmod +x nextflow
mkdir -p $HOME/.local/bin/
mv nextflow $HOME/.local/bin/source 03.1_fix.shCrie o ambiente para análise
micromamba create -n next
micromamba activate next
micromamba install -c conda-forge -c bioconda nextstrain-cli=8.5.4 augur=27.0.0source 04_install_next.shCheque as instalações
nextstrain --version
augur --versionRode a análise
cd pratica_nextstrain
cp Snakefile-L Snakefile
nextstrain build --cpus 2 .source 05_next.shVisualização dos resultados
micromamba create -c conda-forge -n auspice nodejs=16
micromamba activate auspice
npm install --global auspicecd /workspaces/Curso_OROV
source 06_install_auspice.shcd /workspaces/Curso_OROV/pratica_nextstrain/auspice
auspice view --datasetDir .