Program umożliwiający dowolną zmianę pomiędzy wybranymi notacjami struktur drugorzędowych.
CT(connet), BPSEQ(basepair), DOT-BRACKET(vienna), RNAML(http://www-lbit.iro.umontreal.ca/rnaml/)
Program umożliwia również obsługę rozpoznawania pseudowęzłów do rzędu dziesiątego.
Po uruchomieniu programu i wskazaniu mu wejściowego pliku, dla przykładu plik o nazwie ,first_seq,
W terminalu:
>python main.py first_seqKonwerter automatycznie rozpoznaje format pliku wejściowego i umożliwia wybór formatu pliku wejściowego
Choose save format:
0 - All formats
1 - Dot-bracket
2 - Basepair
3 - RNAMLPo dokonaniu wyboru otrzymamy wygenerowany plik ze zmienionym formatem.
Gdy konwersja przebiegnie w prawidłowy sposób dostaniemy specjalny komunikat:
Conversion from (bpseq) to (dot) completed successfully!W przypadku gdy pliki są przez nas przygotowane, powinny mieć kostrukcję, w której wskazujemy na jedną z notacji. Wtedy zakładamy, że wprowadzony plik jest poprawny. Jednak gdy plik jest wygenerowany przez inny program lub nie jest przez nas przygotowany, konwerter automatycznie szuka jaki format został użyty i wykonuje się. Gdy dane uniemożliwiają wykonanie się programu, program informuje nas o tym.
Connect:
>first_seq.ct
1 A 0 2 0 1
2 G 1 3 10 2
3 U 2 4 0 3
4 C 3 5 12 4
5 G 4 6 0 5
6 C 5 7 14 6
7 A 6 8 0 7
8 U 7 9 16 8
9 G 8 10 0 9
10 C 9 11 2 10
11 A 10 12 0 11
12 U 11 13 4 12
13 G 12 14 0 13
14 C 13 15 6 14
15 A 14 16 0 15
16 G 15 17 8 16
17 C 16 18 0 17Basepair:
>first_seq.bpseq
1 A 0
2 G 10
3 U 0
4 C 12
5 G 0
6 C 14
7 A 0
8 U 16
9 G 0
10 C 2
11 A 0
12 U 4
13 G 0
14 C 6
15 A 0
16 G 8
17 C 0Dot-bracket:
>first_seq.dot
AGUCGCAUASKDSKALG
.(.[.{.<.).].}.>.RNAML:
<rnaml>
<molecule>
<identity>
<name>seq_name</name>
</identity>
<sequence length="17">
<seq-data>AGUCGCAUGCAUGCAGC</seq-data>
</sequence>
<structure>
<base-pair>
<base-id-p5>
<base-id>
<position>2</position>
</base-id>
</base-id-p5>
<base-id-p3>
<base-id>
<position>10</position>
</base-id>
</base-id-p3>
</base-pair>
<base-pair>
<base-id-p5>
<base-id>
<position>4</position>
</base-id>
</base-id-p5>
<base-id-p3>
<base-id>
<position>12</position>
</base-id>
</base-id-p3>
</base-pair>
<base-pair>
<base-id-p5>
<base-id>
<position>6</position>
</base-id>
</base-id-p5>
<base-id-p3>
<base-id>
<position>14</position>
</base-id>
</base-id-p3>
</base-pair>
<base-pair>
<base-id-p5>
<base-id>
<position>8</position>
</base-id>
</base-id-p5>
<base-id-p3>
<base-id>
<position>16</position>
</base-id>
</base-id-p3>
</base-pair>
</structure>
</molecule>
</rnaml>